Die Basis der IWAO, ein gemeinnütziger Verein, bilden die Mitglieder, ehrenamtliches Engagement und persönlicher Einsatz. Die Mitgliederversammlung, die einmal jährlich stattfindet, ist deshalb das oberste Vereinsorgan. Sie wählt unter anderem Vorstand und Kassenprüfer und setzt die Mitgliedsbeiträge fest. Nur sie kann Vorstand und Kassenprüfer entlasten und die Satzung ändern. Jedes Mitglied hat bei Abstimmungen eine Stimme.

Viele Mitglieder der IWAO bringen Sachverstand und Erfahrungswissen aus den Bereichen Wasserchemie, Wasseraufbereitung, Wasserversorgung, Feuerwehrwesen und Katastrophenschutz mit, um fachmännische Aufbereitung, Untersuchung, Bewertung und Verteilung von Wasser in Katastrophengebieten möglich zu machen. Die aktiven Mitglieder begründen das Selbstverständnis der IWAO als berufsspezifische Organisation. Die fördernden Mitglieder tragen wesentlich zur finanziellen Basis bei und ermöglichen die Hilfseinsätze.

Die Alltagsgeschäfte der IWAO wie z.B. die Organisation der Mitgliederversammlung oder der Einsätze führt der Vereinsvorstand. Im Falle einer Trinkwassernotlage tritt das Präsidium als Krisenstab, ein weiteres Vereinsorgan, zusammen. Dieses entscheidet dann, ob, wie und in welchem Umfang ein Hilfseinsatz durchgeführt wird bzw. welche Institutionen in ihrem Wirken unterstützt werden.​

In ständigen oder vorübergehend eingesetzten Arbeitskreisen wird der Vorstand in seinen Aufgaben unterstützt: Der Arbeitskreis „Marketing“ kümmert sich z. B. um Mitgliederwerbung sowie Presse- und Öffentlichkeitsarbeit.